Em 1947, o recém-ordenado Pe. Karol Wojtyla (João Paulo II) visitou o Padre Pio. Foi um encontro breve, mas Wojtyla nunca se esqueceu daquela visita. Mais tarde, ele escreveu uma carta ao Padre Pio pedindo orações.
De fato, ele redigiu a carta em latim, no ano de 1962. Na época, Wojtyla era bispo na Polônia. Eis um trecho da missiva:
Um milagre de Padre Pio como resposta
João Paulo II nunca recebeu uma carta-resposta do Padre Pio, mas poucos dias depois, aconteceu um milagre. João Paulo II escreveu outra carta ao místico, expressando sua alegria. Diz o texto:
Não é surpresa, portanto, que São João Paulo II fosse um forte defensor de São Padre Pio, canonizando o frade capuchinho em 2002.